비상장중소기업의 지배구조란 특정회사 및 그 관계회사에 대한 소유권과 경영권의 구조 및 자본구조 (자기자본과 타인자본의 비율 및 각 구성항목의 구조) 등을 의미하는 경우가 대부분이며, 중소기업 오너 CEO리스크의 상당부분이 이 지배구조 문제와 연결되어 있다.
가령 가업승계, 차명주식정리, 관계회사, IPO, M&A, 분할, 청산, 임직원 주주문제, 자본조달방식의 선택 등 기업의 소유권 구조에 대한 큰 변화가 발생하는 내용들과 등기임원의 구성, 경영권 확보/방어, 경영주로서의 책임문제 등 경영권에 대한 내용들이 대표적인 지배구조와 관련된 오너CEO리스크들 이다.
※ 통상적으로 기업내부의 의사결정시스템, 이사회와 감사의 역할과 기능, 경영자와 주주와의 관계 등을 총칭하며, 관련 논의가 대부분 상장회사를 중심으로 이루어진 관계로 기업지배구조라는 개념은 다수의 소액주주, 채권자, 종업원, 국가 등 기업의 이해관계자들의 이익을 위해 소수의 지배주주 및 경영자가 역할을 다할 수 있도록 그를 감시 • 통제하는 체계라는 의미로 사용되고 있다.